El transporte predominante se realiza por vía fluvial, existiendo a la par rutas terrestres como carreteras asfaltadas, carreteras afirmadas o trochas carrozables; a continuación algunas rutas que se pueden hacer desde la capital del país:
Ruta #1:
Lima - Chiclayo;
Chiclayo - Olmos;
Olmos - Jaén;
Jaén - Bagua Grande;
Bagua Grande - Pedro Ruiz Gallo;
Pedro Ruiz Gallo - Rioja.
Ruta #2:
Lima - Pacasmayo;
Pacasmayo - Tembladera;
Tembladera - San Pablo;
San Pablo - Cajamarca;
Cajamarca - Celendín;
Celendín - Balsas;
Balsas - Chachapoyas ó Balsas - Mendoza;
Chachapoyas - Bagua.
Ruta #3:Lima - Oroya;
Oroya - Junín;
Junín - Cerro de Pasco;
Cerro de Pasco - Huánuco;
Huanuco - Tingo María;
Tingo María - Tocache;
Tocache - Juanjuí;
Juanjuí- Bellavista;
Bellavista - Tarapoto;
Tarapoto - Moyobamba;
Moyobamba - Rioja;
Rioja - Pedro Ruiz Gallo.
Resulta recomendable utilizar ropa resistente a las lluvias torrenciales además de repelentes.
Puertos fluviales:
Rentema (Bagua)
Nazareth (Bagua)
Choros (Utcubamba) y
Galilea (Condorcanqui).